DYCP-31DN-systemet er et horisontalt elektroforesesystem. Ved horisontal gelelektroforese støpes en gel i horisontal orientering og nedsenkes i løpende buffer i gelboksen. Gelboksen er delt inn i to rom, med agarosegel som skiller de to. Som tidligere nevnt er en anode plassert i den ene enden, mens en katode er plassert i den andre. Den ioniske løpebufferen gjør det mulig å lage en ladningsgradient når en strøm påføres. I tillegg tjener bufferen til å avkjøle gelen, som varmes opp når en ladning påføres. Løpebufferen resirkuleres ofte for å hindre at det dannes en pH-gradient. Vi har forskjellige størrelser på kammer å bruke. De forskjellige kammene gjør dette horisontale elektroforesesystemet ideelt for enhver agarosegelapplikasjon inkludert undersjøisk elektroforese, for rask elektroforese med små mengder prøver, DNA , undersjøisk elektroforese, for identifisering, separering og klargjøring av DNA, og for måling av molekylvekten.
Under elektroforesen dannes en gel i et støpebrett. Brettet inneholder små "brønner" som holder partiklene du ønsker å teste. Flere mikroliter (µL) av løsningen som inneholder partiklene du ønsker å teste, fylles forsiktig i brønnene. Deretter helles en buffer, som leder elektrisk strøm, inn i elektroforesekammeret. Deretter plasseres støpebrettet, som inneholder partiklene, forsiktig inn i kammeret og senkes ned i bufferen. Til slutt lukkes kammeret og strømkilden slås på. Anoden og katoden, skapt av den elektriske strømmen, tiltrekker seg de motsatt ladede partiklene. Partiklene beveger seg sakte i gelen mot motsatt ladning. Strømmen slås av, og gelen tas ut og inspiseres.