Et elektroforesesystem består av to hovedkomponenter: en strømforsyning og et elektroforesekammer. Strømforsyningen leverer strøm. "Kraften", i dette tilfellet, er elektrisitet. Elektrisiteten som kommer fra strømforsyningen flyter, i én retning, fra den ene enden av elektroforesekammeret til den andre. Katoden og anoden til kammeret er det som tiltrekker seg motsatt ladede partikler.
Inne i elektroforesekammeret er det et brett - mer presist et støpebrett. Støpebrettet består av følgende deler: glassplate som går i bunnen av støpebrettet. Gelen holdes i støpebrettet. "Kammen" ser ut som navnet. Kammen plasseres i spor på siden av støpebrettet. Den settes i sporene FØR den varme, smeltede gelen helles. Etter at gelen har stivnet, tas kammen ut. "Tennene" på kammen etterlater små hull i gelen som vi kaller "brønner". Brønner lages når den varme, smeltede gelen størkner rundt tennene på kammen. Kammen trekkes ut etter at gelen er avkjølt, og etterlater brønner. Brønnene gir et sted å sette partiklene du ønsker å teste. En person må være veldig forsiktig med å forstyrre gelen når man laster partiklene. Å sprekke eller bryte gelen vil sannsynligvis påvirke resultatene dine.